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不同的论文查重系统，是不同机构所开发，所以，查重比对数据库的内容、范围，重复率计算方法，都完全不一样。 所以，互相之间没有可比性。 而且学术查重系统根据不同类型论文，分为不同版本。 针对毕业论文而言，本科毕业论文是学术查重PMLC版本，含有“大学生论文联合比对库”，包含了使用PMLC检测过的所有往届本科毕业论文；研究生毕业论文是学术查重VIP5.3/TMLC2版本，含有“学术论文联合比对库”，包含了使用VIP5.3/TMLC2检测过的所有往届研究生毕业论文。
学术比万方查重的重复率相差很大。 这个大不是指学术一定比万方查重的重复率高多少；或者是说学术一定比万方查重的重复率低多少。 这个大是指无法根据万方的重复率来推断出学术的重复率多少。 因为万方数据和学术查重是2个完全不一样的查重软件。
学术查重是目前很多高校指定的查重软件，一般学校有着1-2次的免费查重机会，其余第三方查重都是需要付费检测（价格不低），其他查重软件都可作为初稿检测，数据库和算法上的区别，最后查重的结果也是肯定不一样，具体差多少的数值还是有待考量。
不同查重软件有不同的对比库数据库，且不同的查重软件所能调用的数据库数量不同。 这就是为什么同一篇论文，不同查重软件检测，会出现不同的查重结果，且同一个数据库查重准确率也会不稳定。 可以说，对比数据库越权威，数据库涉及范围越广，重复率也越准确，越稳定。